离子色谱仪的应用越来越广泛，离子色谱柱是离子色谱仪的核心部件之一，样品中各种离子的分离均在色谱柱中完成，并且一般比常规液相色谱柱价格要贵很多。因此，对离子色谱柱的维护保养十分重要。
(1)接色谱柱前确保系统已清洗干净。色谱柱在任何情况下不能碰撞、弯曲或强烈震动;很多单位的离子色谱仪是阴、阳离子混用的，因此，接色谱柱前，一定要保证整个离子色谱仪上的所有阀件或管路已清洗干净，避免造成色谱柱堵塞。
(2)确保色谱柱不进入颗粒物。样品一定要经过预处理，去除颗粒物等会给泵和色谱柱带来负担的物质。
(3)确保色谱柱不干燥。每天分析工作结束后，要清洗进样阀中残留的样品，还要用适当的溶剂来清洗柱;若分析柱*不使用，要参照色谱柱保存办法，在冲洗干净后，对阴离子柱要通入一定浓度的碱(对阳离子柱要通入一定浓度的酸)，并将色谱柱取下两端密封保存。
(4)确保色谱柱在一定压力、流速条件下运行。仪器使用时一定要先检查整个流动管路中是否有气泡，如果有，需要先将气泡排除后再将色谱柱接上，防止将气泡带到色谱柱中。因为色谱柱中装填的树脂颗粒很小，气泡进入后将影响树脂和样品中离子的交换，同时气泡也将影响基线的稳定性。